Masjid Tuanku Mizan Zainal Abidin dilengkapi dengan pelbagai kemudahan dan salah satunya adalah disediakan tempat meletak kenderaan basement di mana ia boleh memuatkan 464 lot untuk kereta, 79 lot untuk motosikal dan 30 lot untuk basikal. Ini adalah untuk memudahkan para jemaah dan pengunjung untuk meletak kenderaan yang selesa daripada terkena hujan dan panas. Ia juga tidak dikenakan bayaran untuk meletakkan kenderaan.